氨氮是控制水体含氮有机物污染和保护水生态系统的一个关键水质指标。与化学需氧量一样，氨氮也会使水体发黑发臭。尤其是氨氮中的非离子氨可以引起水生生物毒害，具有致癌和致畸作用。同时氨氮可增加水体富营养化发生的几率。以江苏省太湖流域为例，跨界断面和重点水质监控断面的氨氮达标情况远差于COD的达标情况。太湖流域的15条入湖河流的40个监测断面水质评价结果表明锰酸盐指数全部达到Ⅳ类水标准，氨氮70%的断面达不到Ⅳ类水标准，入湖河流的主要污染因子为氨氮。

因此，研究和建立适合我省实际的科学的氨氮监测、统计和考核体系是我省实施氨氮总量控制、减排工作的内在需要，既有利于保障我省氨氮减排工作实施，确保区域环境质量改善，同时也促进我省和我国环境管理机制的不断创新。