2009上半年，太湖湖体高锰酸盐指数达到Ⅱ类，总磷处于Ⅳ类；总氮仍劣于Ⅴ类。全湖处于轻度富营养状态。
国家考核我省太湖流域53个环湖和行政交界断面（实测51个），有37个断面三项指标全部达标，平均达标率为72.5%，同比提高17.8个百分点。
上半年，EOS\MODIS卫星共计监测到蓝藻聚集现象47次（其中1-3月份未发现蓝藻聚集现象），平均发生面积为38.9Km2/次，最大面积发生于6月23日（150Km2）。蓝藻多发区域集中于西部沿岸。与上一年同期相比，蓝藻治理成效明显，平均发生面积下降79.7%，最大面积下降77.0%。
