2009年，太湖湖体高锰酸盐指数达到地表水环境质量Ⅲ类标准，总磷为Ⅳ类，总氮劣于Ⅴ类。全湖处于轻度富营养状态，其中五里湖、湖心区和东部沿岸区处于轻度富营养状态，其余湖区处于中度富营养状态。

根据《江苏省“十一五”水污染物总量削减目标责任书（2006-2010年）》确定的水质目标要求，我省太湖流域有41个断面达标，达标率为78.8%，同比提高10.9个百分点。

2009年，EOS\MODIS卫星共计监测到蓝藻聚集现象108次，平均发生面积为66.6Km²/次，最大面积发生于7月25日(461Km²)。蓝藻多发区域集中于西部与西北部。与2008年相比，平均发生面积下降49.8%，最大面积下降21.1%。