太湖湖体高锰酸盐指数达到地表水环境质量Ⅲ类标准，总磷平均浓度达到Ⅳ类标准，总氮平均浓度劣于Ⅴ类。全湖富营养化程度平均为中富营养，其中湖心区和东部沿岸区处于轻富营养化水平，其余湖区均处于中富营养水平。

    根据《江苏省“十一五”水污染物总量削减目标责任书（2006-2010年）》确定的水质目标要求，太湖流域53个水质目标考核断面中有21个断面达标，达标率39.6%；其中主要考核指标高锰酸盐指数、总磷和氨氮达标率分别为66.0%、60.4%和58.5%。

    2007年3月下旬开始，太湖出现蓝藻水华；5月份，蓝藻水华暴发。卫星遥感监测表明，2007年太湖蓝藻水华在梅梁湖、贡湖、竺山湖和太湖西部发生较频繁。