1、太湖湖体
    按《江苏省“十一五”水污染物总量削减目标责任书（2006-2010年）》要求，国家考核我省太湖湖体5个重点湖区，考核指标为高锰酸盐指数、总磷、总氮和营养状态指数。2006年上半年,太湖湖体5个重点湖区总氮和营养状态指数均未达到2010年目标要求；西部沿岸区总磷、东部沿岸区高锰酸盐指数和总磷也未达到2010年目标要求。全湖高锰酸盐指数达Ⅲ类水质标准，总磷达Ⅳ类水质标准。全湖平均处于中富营养水平。
2、太湖流域水质目标考核断面
    国家考核我省太湖流域53个水质监测断面，考核指标为高锰酸盐指数、总磷和氨氮。2006年上半年，53个考核断面中有32个不达标，其中，无锡11个，常州8个，苏州11个，镇江3个。