1、太湖湖体
国家考核基本指标为高锰酸盐指数和总磷，总氮和富营养化指数为参考指标。2006年一季度,太湖湖体五个重点湖区总磷平均浓度均控制在国家2005年目标值范围内；除东部沿岸区外其余湖区高锰酸盐指数浓度亦控制在国家2005年目标值范围内。全湖高锰酸盐指数达Ⅲ类水质标准，总磷达Ⅳ类水质标准。全湖平均处于中富营养水平。
2、出入湖河流
国家考核我省太湖流域21个主要出入湖河流控制断面水质，考核指标为高锰酸盐指数和总磷。2006年一季度，21个出入湖控制断面（苏州苏东河越溪桥断面因河道整治无法采样，故参评断面为20个）中有12 个不达标，其中无锡9个，常州2个，苏州1个。
3、主要交界断面
国家考核我省太湖流域45个行政交界断面水质，考核指标为高锰酸盐指数和总磷。2006年一季度，45个行政交界断面中有22个不达标，其中无锡8个，常州6个，苏州7个，镇江1个。
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