2008年，太湖湖体高锰酸盐指数达到地表水环境质量Ⅲ类标准，总磷为Ⅳ类，总氮劣于Ⅴ类。全湖处于中度富营养状态，其中湖心区和东部沿岸区处于轻度富营养状态，其余湖区均处于中度富营养状态。

    根据《江苏省“十一五”水污染物总量削减目标责任书（2006-2010年）》确定的水质目标要求，太湖流域53个水质目标考核断面中有36个断面达标，达标率为67.9%，同比提高28.3个百分点；其中主要考核指标高锰酸盐指数、总磷和氨氮达标率分别为100%、90.6%和69.8%，超过国家十一五目标责任书2008年考核目标要求的80%、70%、50%。

    利用卫星遥感手段对太湖蓝藻暴发情况进行监测,1～10月份共监测到蓝藻聚集现象104次，5月、8月和9月是蓝藻高发季节。暴发区域主要分布在太湖西部沿岸和梅梁湖东部。但与2007年相比，蓝藻暴发频次和最大面积分别下降了28.8％和44.3％。