2009年11月，全省125个国控断面中（实测122个），有43个断面水质在Ⅰ～Ⅲ类之间，占监测断面总数的35.2%；17个断面水质劣于Ⅴ类，占13.9%。与去年同期相比,Ⅰ～Ⅲ类断面比例上升了0.2个百分点，劣Ⅴ类断面比例下降了6.4个百分点。
全省共监测89个集中式饮用水地表水源地(111个集中式饮用水源地中有地下水源地11个，备用水源地10个；南通海安水厂从7月份起停止监测)，取水总量为33406万立方米，达标水量为32984万立方米，达标率为98.7%；与上月相比，达标率保持稳定。省辖城市23个主要饮用水源地取水总量为16960万立方米，达标水量为16538万立方米，达标率97.5%。与去年同期相比，达标率下降了2.5个百分点；与上月相比，达标率保持稳定。
淮河流域省界断面奎河黄桥、沛沿河李集桥水质均达标；国家考核断面总体水质为良，达标率为88.9%，同比持平。南水北调东线江苏段水质达标率为92.9%，同比上升21.5个百分点(表3)。城市重点水域达标率为90.9%，与上月持平。
太湖湖体综合营养状态指数为58.1，同比下降0.2；国家考核断面总体上处于轻度污染状态，达标率为84.0%，与去年同期基本持平；15条“双河长制”河流消除劣Ⅴ类，劣Ⅴ类河流数同比减少1条。总的来看，太湖流域各项综合性指标显示水质保持稳定。
长江干流总体水质为优，10个干流控制断面水质全部达到目标要求，达标率为100%，同比保持稳定；入江支流45个控制断面中，符合2010年水质目标要求的有36个，达标率为80.0%，比去年同期提高4.4个百分点。
全省43个市界断面水质总体上处于轻度污染，达标率为62.8%；与去年同期相比，市界断面水质达标率保持不变；与上月相比，达标率下降了9.3个百分点。