2009年10月，全省125个国控断面中（实测123个），有40个断面水质在Ⅰ～Ⅲ类之间，占监测断面总数的32.5%；15个断面水质劣于Ⅴ类，占12.2%。与去年同期相比,Ⅰ～Ⅲ类断面比例下降了2.5个百分点，劣Ⅴ类断面比例下降了0.8个百分点。
全省共监测89个集中式饮用水地表水源地(111个集中式饮用水源地中有地下水源地11个，备用水源地10个；南通海安水厂从7月份起停止监测)，取水总量为34635万立方米，达标水量为34166万立方米，达标率为98.6%；与上月相比，达标率保持稳定。省辖城市23个主要饮用水源地取水总量为17707万立方米，达标水量为17274万立方米，达标率为97.6%；与去年同期及上月相比，达标率均保持稳定。
淮河流域省界断面奎河黄桥、沛沿河李集桥水质均达标；国家考核断面总体水质为良，达标率为82.2%，同比上升2.2个百分点，与上月相比下降4.5个百分点。南水北调东线江苏段水质达标率为78.6%，与去年同期和上月相比，分别下降7.1、14.3个百分点(表3)。城市重点水域达标率为90.9%，与上月相比下降9.1个百分点。
太湖湖体综合营养状态指数为57.7，同比下降2.0，较上月下降0.4；国家考核断面总体上处于轻度污染状态，达标率为90.2%，与去年同期和上月相比基本持平；15条“双河长制”河流消除劣Ⅴ类，劣Ⅴ类河流数同比减少1条。总的来看，太湖流域各项综合性指标显示水质保持稳定。
全省43个市界断面水质总体上处于轻度污染，考核达标率为72.1%；与去年同期相比，市界断面水质达标率下降了9.3个百分点；与上月相比，达标率保持不变。