2009年9月，全省125个国控断面中（实测123个），有43个断面水质在Ⅰ～Ⅲ类之间，占监测断面总数的35.0%；14个断面水质劣于Ⅴ类，占11.7%。与去年同期相比,Ⅰ～Ⅲ类断面比例上升了4.9个百分点，劣Ⅴ类断面比例下降了3.2个百分点。

　　全省共监测89个集中式饮用水地表水源地(111个集中式饮用水源地中有地下水源地11个，备用水源地10个；南通海安水厂从7月份起停止监测)，取水总量为34773万立方米，达标水量为34274万立方米，达标率为98.6%；与上月相比，达标率上升了5.3个百分点。省辖城市23个主要饮用水源地取水总量为17637万立方米，达标水量为17227万立方米，达标率为97.7%；与去年同期相比，达标率保持稳定。

　　淮河流域省界断面奎河黄桥、沛沿河李集桥水质均达标；国家考核断面总体水质为良，达标率为86.7%，同比下降4.4个百分点。南水北调东线江苏段水质达标率为92.9%，同比上升7.2个百分点。城市重点水域达标率为100%。

　　太湖湖体综合营养状态指数为58.1，同比下降1.4，较上月上升0.8；国家考核断面总体上处于轻度污染状态，达标率为94.1%，与去年同期和上月相比，分别提高18.6和5.9个百分点；15条“双河长制”河流消除劣Ⅴ类，劣Ⅴ类河流数同比减少1条。总的来看，太湖流域各项综合性指标显示水质保持稳定。

　　长江干流总体水质为优，10个干流控制断面水质全部达到目标要求，达标率为100%，同比保持稳定；入江支流45个控制断面中，符合2010年水质目标要求的有40个，达标率为88.9%，比去年同期提高4.5个百分点。

　　全省43个市界断面水质总体上处于轻度污染，考核达标率为72.1%；与去年同期相比，市界断面水质达标率上升了4.7个百分点。