我省在长江、京杭大运河、太湖等主要河流湖泊开展了水生生物多样性调查监测，共布设主要河流测点64个，主要湖泊测点53个。

调查结果表明，“十一五”以来，我省主要河流与湖泊底栖动物多样性状况均有所好转。2010年，主要河流底栖动物多样性评价等级为丰富和较丰富的断面占50.0%。主要湖泊底栖动物多样性状况好于河流，丰富和较丰富的断面占67.3%。与“十五”末相比，主要河流、湖泊丰富和较丰富断面比例明显增加，贫乏和极贫乏断面比例有所下降。